Здійснення функцій живої речовини пов’язано з міграцією атомів у процесі колообігу речовин у біосфері. В ній постійно триває колообіг води і всіх хімічних елементів, які входять до складу живих організмів. Та частина міграції хімічних елементів, яка відбувається за участю живих організмів, називається біогенною, а поза ними - абіогенною.

Колообіг оксигену. Оксиген є найпоширенішим елементом у біосфері і головною складовою живої речовини. В тілі людини міститься 62,8% оксигену і 19,4% карбону. Колообіг оксигену ускладнюється через його здатність утворювати численні хімічні сполуки. В результаті виникає багато циклів між атмосферою, літосферою та гідросферою.

Атмосферний кисень і оксиген, що міститься в численних поверхневих мінералах ( залізні руди, осадові кальцити), мають біогенне походження. Спочатку в атмосфері Землі кисню не було. Його почали виробляти автотрофи.

Формування в атмосфері озонового екрана, здатного затримувати сонячну радіацію, відбулося за вмісту кисню в атмосфері, що становив 1% сучасного. Це сприяло інтенсивному розвитку автотрофних організмів у верхніх горизонтах води, інтенсифікувало фотосинтез і відповідно утворення кисню. Колообіг кисню відбувається в основному між атмосферою і живими організмами. Частково кисень утворюється шляхом дисоціації озону під дією сонячної радіації у верхніх шарах атмосфери. Вільний кисень регенерується в процесі фотосинтезу зелених рослин. Джерелом кисню є вода і вуглекислий газ, його утворення відбувається за допомогою сонячної енергії. Процес продукування та виділення кисню в процесі фотосинтезу протилежний процесу його споживання гетеротрофами під час дихання.

Для повного відновлення всього атмосферного кисню потрібно 2000 років. Якщо не враховувати антропогенної діяльності, в наш час процеси фотосинтезу й дихання зрівноважені. Тому накопичення кисню в атмосфері не відбувається і його вміст залишається сталим. Оксиген, фіксований літосферою у вигляді алюмосилікатів, кремнезему, карбонатів, сульфатів, оксидів феруму тощо, становить 590х1014 т. У біосфері циркулює 39х1014 т. O2 у вигляді газу чи сульфатів, розчинених в океанічних і континентальних водах.

Колообіг карбону. В атмосфері міститься вуглекислий газ, оксид карбону ( ІІ ), як малі компоненти - вуглеводні, зокрема, метан та інші органічні сполуки. Карбон - основний хімічний елемент живої речовини, оскільки входить до складу різноманітних органічних речовин. Сполуки карбону (у вигляді корисних копалин і карбонатів, а також алмазу і графіту) знаходяться в літосфері. У воді містяться розчинні солі карбону, на дні - карбонатні мули, утворені внаслідок накопичення мертвих решток організмів, що будують своє тіло з карбонату кальцію. Сполуки карбону у ґрунті - це рештки організмів, продукти їх метаболізму та вуглекислий газ, що виділяється під час дихання організмів і розкладання органічних речовин в аеробних умовах. Вуглекислий газ рослини поглинають листям і кореневою системою для синтезу органічних речовин, які по харчовим ланцюгам переходять до тіла тварин. Після загибелі організмів завдяки діяльності редуцентів сполуки карбону повертаються в біосферу у формі вуглекислого газу. У ґрунті дуже часто колообіг карбону гальмується. Органічні рештки мінералізуються частково, перетворюючись у нову органічну речовину - гумус. Частина органічної речовини, що повністю не розклалась, накопичується в осадових породах. Величезні поклади вугілля, нафти, вапняків у водному середовищі є прикладом цього явища .Людська діяльність значно впливає на колообіг цього біофільного елемента. Сполуки карбону у вигляді оксидів потрапляють в атмосферу при спалюванні горючих корисних копалин, вуглеводні - під час нафтовидобутку та нафтопереробки, численні органічні сполуки утворюються в процесі органічного синтезу.

Колообіг нітрогену. Нітроген у вигляді газоподібних сполук знаходиться в повітрі, у вигляді органічних сполук - в тілах живих організмів, у ґрунті - у вигляді солей амонію, нітратів і нітритів. У колообіг азот залучається завдяки біологічній ( бактерії, синьо-зелені водорості), промисловій (виробництво мінеральних добрив) і атмосферній (блискавка) азотфіксаціям. Завдяки цим процесам атмосферний азот перетворюється в нітрати, які можуть засвоюватись рослинами. Іншим джерелом нітрогену для рослин є розкладання органічних решток, внаслідок чого утворюються сполуки амонію, сечовина, аміак, які завдяки діяльності особливих бактерій перетворюються в речовини, доступні для рослин. Повернення азоту в атмосферу відбувається внаслідок розкладання сполук, що містять нітрати, до вільного азоту та кисню особливими ґрунтовими бактеріями. .Людина своєю діяльністю здійснює значний вплив на колообіг нітрогену. Систематичне застосування азотних добрив зумовлює збільшення концентрації сполук нітрогену в ґрунтах, водах, продуктах харчування. Високий вміст нітратів в рослинах становить небезпеку для здоров’я людини і тварин, оскільки внаслідок споживання такої їжі нітрати перетворюються на нітрити, які, сполучаючись з гемоглобіном крові, перешкоджають переносу кисню кров’ю.

Колообіг фосфору. Особливістю колообігу фосфору є те, що він має лише одну газоподібну сполуку - фосфін, який утворюється під час гниття органічних решток. Більшість фосфатів не розчинні у воді. Мінералами є апатити і фосфорити. У ґрунті фосфор входить до складу решток мертвих організмів. Поширеним фосфоровмісним добривом є гуано - послід морських птахів .Редуценти мінералізують органічні сполуки фосфору з відмерлих організмів у фосфати, які знову споживаються коренями рослин. Сполуки фосфору накопичуються на дні водойм і в прибережній зоні морів та океанів у вигляді решток живих організмів і фосфатів. На суходіл потрапляють з рибою та під час видобування корисних копалин. Кислотні дощі прискорюють міграцію фосфору завдяки розчиненню фосфатів. Для підвищення родючості ґрунтів на поля вносять добрива, зокрема, й фосфорні. Змивання їх у водойми спричинює евтрофікацію водойм (підвищення біологічної продуктивності екосистеми внаслідок нагромадження біогенних елементів, головним чином, нітрогену і фосфору).

Колообіг сульфуру. Цей хімічний елемент утворює газоподібні сполуки: гідрогеносульфур та оксиди сульфуру (IV, VI). Більшість сульфатів розчинні у воді, тоді як сульфіди більшості металів малорозчинні. Сульфур у складі органічних сполук міститься в живих організмах, горючих корисних копалинах. Сірка, яка знаходиться в ґрунті, є продуктом розкладання материнських гірських порід, що містять пірити і халькопірити, а також продуктом розкладання органічних речовин. У ґрунті діють численні мікроорганізми, що перетворюють сульфіди на сульфати й сірку і навпаки. Корені рослин поглинають сполуки сульфуру, які входять у створювані рослинами органічні речовини. Після відмирання рослин сполуки сульфуру повертаються в ґрунт. Таким чином підтримується колообіг сульфуру в природі. Людина своєю діяльністю значно збільшує концентрацію сполук сульфуру в навколишньому середовищі. Великі кількості оксидів сульфуру утворюються під час спалювання сміття, різних видів палива, добування металів із сульфатів, у виробництві та використанні сульфатної кислоти.